Βρίσκεται βορειοανατολικά του χωριού Ελένες σε πολύ κοντινή απόσταση από τις παραδοσιακές βρύσες του χωριού. Η είσοδός του διαμορφώνεται σ’ ένα μικρό πλάτωμα, είναι στενή και χαμηλή με νοτιοδυτικό προσανατολισμό και θέα προς το όρος Κέντρος. Στο μεγαλύτερο μέρος του το σπήλαιο αποτελείται από ένα μακρύ και σωληνοειδή κατηφορικό διάδρομο, ο οποίος αναπτύσσεται κλιμακωτά σε διαφορετικά επίπεδα. Κάποια σημεία μάλιστα είναι τόσο στενά ώστε η προσπέλασή τους είναι ανέφικτη. Ο ελάχιστος σταλαγμιτικός διάκοσμος που διατηρείται στο εσωτερικό του είναι λεηλατημένος, ενώ ένα μόνο ένα μικρό μέρος στο τέλος του παραμένει ενεργό (υγρό).

Αξίζει επίσης να σημειωθεί ότι, το Σπήλαιο Μαργελές αποτελεί ταυτόχρονα σημαντική θέση μινωικής εγκατάστασης. Ανασκαφικές έρευνες εδώ έφεραν στο φως λίθινους πέλεκες και κεραμική που χρονολογούνται από την τελική νεολιθική περίοδο (περ. 3300-3000 π.Χ.). Αρχαιολογικά δεδομένα καταδεικνύουν ακόμα τη χρήση του χώρου καθ’ όλη τη διάρκεια των μινωικών χρόνων αλλά και κατά την Ελληνορωμαϊκή περίοδο.