Αμφιθεατρικά κτισμένος, ο οικισμός στην νοτιοδυτική πλαγιά του Ψηλορείτη, σε υψόμετρο 500 μ., έχει υπέροχη θέα στις κορυφές του Ψηλορείτη και στην Κοιλάδα του Αμαρίου που φτάνει μέχρι το Νότιο Κρητικό Πέλαγος. Η Νίθαυρη, με περίπου 400 κατοίκους, είναι ένας μεγάλος κτηνοτροφικός οικισμός, φημισμένος για τα γαλακτοκομικά προϊόντα που παράγει. Κατοικείται εδώ και αιώνες και η πρώτη του αναφορά εμφανίζεται σε ενετικό έγγραφο του 1577 μ.Χ.

Για την ονομασία του χωριού υπάρχουν δύο εκδοχές. Η πρώτη αναφέρει ότι προήλθε από τη συνεκδοχή των λέξεων νερό-θαύρεις, όταν κάποτε στο χωριό έγινε προσπάθεια να βρεθεί μεγάλη ποσότητα νερού. Η δεύτερη, που είναι και η πιθανότερη, αναφέρει ότι προήλθε από τη συνεκδοχή των λέξεων Νίδα βρεις, γιατί από το χωριό μπορεί να δει κανείς το Ίδαίον Άντρον που οι κάτοικοι το ονόμαζαν και Νίδα [Πηγή: Εκδοτικός οίκος Αρσινόη. Κρήτη – Το Αφιέρωμα. Τοπικές Ιστορίες].

Κεντρική εκκλησία του χωριού είναι ο Ναός του Αγίου Νεκταρίου που γιορτάζει στις 8 Νοεμβρίου. Εντός του οικισμού βρίσκονται επίσης άλλες δύο σύγχρονες εκκλησίες αφιερωμένες στο Σωτήρα Χριστό και στον Αρχάγγελο Μιχαήλ. Ακόμα, υπάρχει το μικρό εκκλησάκι της Παναγία της Ασφενταμιανής σε μια υπέροχη τοποθεσία με πράσινο και καταπληκτική θεά, περίπου 2 χλμ. βορειοανατολικά του χωριού και σε μεγαλύτερο υψόμετρο.

Η Νίθαυρη είναι ένα ζωντανό χωριό, όπου ο επισκέπτης μπορεί να βρει μικρά καταστήματα, καφέ και ταβέρνες που σερβίρουν τοπικά εδέσματα. Στην καρδιά του οικισμού βρίσκεται η κύρια πλατεία, την οποία κοσμεί μια καλαίσθητη πέτρινη κρήνη με τρεχούμενα νερά, κατασκευασμένη στη ρίζα ενός βράχου στις αρχές του 20ού αιώνα.

Τέλος, η Νίθαυρη είναι γνωστή και για την αρχαία σπηλιά του Ωνυμάρχου, που βρίσκεται βόρειο-ανατολικά του χωριού σε υψόμετρο 700μ, στην τοποθεσία Καλικάς. Στη βραχώδη είσοδό του φέρει την εγχάρακτη ονομασία ΟΝΥΜΑ(Ρ)ΧΟC και στο εσωτερικό του μπορεί να δει κανείς σταλακτίτες και σταλαγμίτες. Αρχαιολογικά ευρήματα, βεβαιώνουν ότι η μακραίωνη χρήση της σπηλιάς ξεκινάει από την προϊστορική περίοδο και φτάνει μέχρι την εποχή της Τουρκοκρατίας, καθώς υπήρξε κρυψώνα γενναίων Κρητικών οπλαρχηγών.

Το χωριό εορτάζει κάθε χρόνο στις 6 Αυγούστου, ανήμερα εορτής της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος, ημέρα που συνήθως γίνεται και το παραδοσιακό πανηγύρι του οικισμού.