Κτισμένο πάνω σε μια καταπράσινη πλαγιά στις δυτικές υπώριες του Ψηλορείτη, το Κλησίδι με τα λιγοστά σπίτια του είναι ένα γραφικό χωριό με υπέροχη θέα προς την κοιλάδα του Αμαρίου και τα γύρω βουνά. Το όνομά του πιθανώς προέρχεται από το μικρό εκκλησάκι και εμφανίζεται για πρώτη φορά σε αιγυπτιακή απογραφή του 1834, ως Klisidhi με δέκα τούρκικες οικογένειες.
Πιο συγκεκριμένα, Ρεθεμνίωτης δάσκαλος το ετυμολογεί από ο κλείς + Ίδη, και το γράφει Κλεισίδι, επειδή, λέει, κείται εις τας κλείς της Ίδης! (Βλ. Γεωγραφία της Κρήτης, σ. 111). Άλλη εκδοχή είναι ότι το τοπωνύμιο είναι υποκοριστικό της. λ. εκκλησία –εκκλησίδι- Κλησίδι. [Πηγή: Σπανάκης Γ. Στέργιος (1991). Πόλεις και Χωριά της Κρήτης στο πέρασμα των αιώνων. Ηράκλειο].
Επίσης, υποστηρίζεται ότι το μέρος που είναι κτισμένος ο οικισμός αποτελεί θέση κλειδί για το πέρασμα στα άλλα χωριά της επαρχίας. Ίσως λοιπόν από αυτό το γεγονός πήρε και το όνομα του και γράφεται και Κλεισίδι [Πηγή: Εκδοτικός οίκος Αρσινόη. Κρήτη – Το Αφιέρωμα. Τοπικές Ιστορίες].

Η εκκλησία του χωριού, αφιερωμένη στον Άγιο Σπυρίδωνα, είναι από τα πρώτα κτίρια που βλέπει ο επισκέπτης εισερχόμενος στον οικισμό και βρίσκεται πάνω στον κεντρικό δρόμο.
Κοντά στον οικισμό είναι η πηγή με το φημισμένο νερό κατά της νεφρολιθίασης και ψαμμίασης και γι’ αυτό η πηγή λέγεται της Πέτρας το νερό.
Στο Κλησίδι λειτουργεί παραδοσιακή ταβέρνα – καφέ.

Το χωριό εορτάζει κάθε χρόνο στις 12 Δεκεμβρίου, ανήμερα της εορτής του Αγίου Σπυρίδωνα.