Η Αγία Σοφία και τα ευρήματα γύρω από το ναό, δείχνουν ότι πιθανόν ο χώρος ήταν μοναστήρι ή μετόχι μοναστηριού. Το σημείο είναι περίοπτο, πάνω σε ύψωμα, με τον Πλατύ ποταμό να γουργουρίζει κάτω στο βάθος της ρεματιάς. Δεν είναι τυχαίο ότι η ομορφιά του όλου περιβάλλοντος είχε ελκύσει από την Μινωϊκή εποχή, με τη δημιουργία έπαυλης σε παρακείμενο αντίστοιχο ύψωμα.

Κατά την ανακαίνιση της Αγίας Σοφίας, κάτω από την παλαιά Αγία Τράπεζα, βρέθηκαν λείψανα Αγίων σε ειδική κόγχη, από την εποχή των εγκαινίων της και το παρατιθέμενο σημείωμα στα Ρωσικά. Η μετάφραση του αναφέρει:

« Όνομα της εταιρίας Ρωσική.

Όποιος θέλει εικόνες, βιβλία και φύλλα μπορεί να τα πάρει από την Οδησσό, από τον Αφόνε Ηλίνε για να δώσετε στον Αφόνε ρωσικής καταγωγής.

Αρχιμανδρίτης Γαβριήλ Λαδεφό

Σεπτέμβριος 1896».

Αυτό σημαίνει ότι τα εγκαίνια του υπάρχοντος μικρού ναού, μάλλον έγιναν επί της εποχής που υπεύθυνος στο νομό Ρεθύμνης για την τήρηση της τάξης, μετά την αποχώρηση του τουρκικού στρατού, από το 1897 έως το 1909 επί αυτόνομης Κρητικής Πολιτείας ήταν ο Ορθόδοξος Ρωσικός στρατός, που έκανε αρκετά έργα σε ναούς στο νομό.

Όλα τα στοιχεία των εγκαινίων επανατοποθετήθηκαν και υπάρχουν εντοιχισμένα στη νέα Αγία Τράπεζα, κατά τα ορθόδοξα ειωθότα των εγκαινιασμένων εκκλησιών. Οι διασωζόμενοι παλαιοί τοίχοι, αλλά και τα υπολείμματα θεμελίων δυτικά, φανερώνουν ότι υπήρχε παλαιός μεγαλύτερος ναός, στο ιερό του οποίου έγινε αργότερα ο υπάρχων.