Η ονομασία του μεταγενέστερου οικισμού Θρόνος, στην ίδια θέση με την αρχαία πόλη Σύβριτο, θεωρείται ότι συνδέεται με την έδρα της ομώνυμης επισκοπής που μαρτυρείται στις πηγές των πρώτων χριστιανικών αιώνων. Η ύπαρξη στο κέντρο του οικισμού λειψάνων παλαιοχριστιανικής βασιλικής*, η οποία αναφέρεται από τον Gerola και άλλους ερευνητές, φωτίσθηκε περαιτέρω από μερική ανασκαφή το 1983. Αποκαλύφθηκε τότε ένας απλός, τρίκλιτος, ξυλόστεγος με νάρθηκα* ναός διαστάσεων 20,90×12,60 μ. Η βασιλική χωρίζεται στα τρία από υψηλούς, κτιστούς στυλοβάτες* και καταλήγει σε μεγάλη αψίδα. Το ανατολικό μέρος του κεντρικού κλίτους καταλαμβάνει από τον 14ο αι. ο μικρός, μονόχωρος Ναός της Παναγίας της Θρονιώτισσας, που έχει κτισθεί πάνω στα λείψανα της αψίδας του ιερού βήματος. Στο εσωτερικό του νεότερου ναού σώζονται τμήματα του παλαιοχριστιανικού ψηφιδωτού δαπέδου, όπως και στο νότιο κλίτος και στον νάρθηκα, τα οποία ο καθηγητής Σ. Πελεκανίδης χρονολόγησε στον 6ο αι. Ένα θωράκιο της ίδιας περιόδου σωζόταν στην παρακείμενη εκκλησία του Αγίου Ιωάννη, ενώ δύο πεσσίσκοι τέμπλου και βάσεις κιόνων αποκαλύφθηκαν επιτόπου. Οι μικρές διαστάσεις της βασιλικής δεν ενθαρρύνουν την υπόθεση ότι πρόκειται για επισκοπικό ναό, ο οποίος ίσως θα πρέπει να αναζητηθεί σε άλλη θέση της αρχαίας Συβρίτου. Ο Ναός της Παναγίας της Θρονιώτισσας φέρει στη δυτική του πλευρά οξυκόρυφο, υστερογοτθικό θύρωμα, με το οικόσημο της οικογένειας Καλλέργη στο υπέρθυρο. Ο διάκοσμός του, που διασώζεται σε μεγάλη έκταση, είναι έργο δύο ζωγράφων των αρχών του 14ου αι., από τους οποίους ο πρώτος εκφράζει λαϊκές συντηρητικές τάσεις του 13ου αι., ενώ ο δεύτερος ακαδημαϊκές τάσεις της Παλαιολόγειας τέχνης. Στους πλάγιους τοίχους παριστάνονται μορφές όρθιων αγίων και ανάμεσά τους η εντυπωσιακή ένθρονη Παναγία Βρεφοκρατούσα.

[Πηγή: Μιχάλης Γ. Ανδριανάκης – Κωνσταντίνος Δ. Γιαπιτσόγλου (2012). Χριστιανικά Μνημεία της Κρήτης. Ηράκλειο, σ. 306].

_____

*βασιλική: τύπος ναού με ορθογώνια κάτοψη, ο κύριος χώρος του οποίου χωρίζεται με κιονοστοιχίες σε τρία ή περισσότερα κλίτη.

*νάρθηκας: αλλιώς πρόναος, είναι ο στενόμακρος χώρος στο δυτικό τμήμα της εκκλησίας και λειτουργεί σαν προθάλαμος του κυρίως ναού.

*στυλοβάτης: το ανώτερο μέρος του κρηπιδώματος, πάνω στο οποίο οποία τοποθετούνται οι κιονοστοιχίες του αρχαίου ελληνικού ναού.