Liegt nordöstliche des Dorfes Elenes in sehr kurzer Entfernung von den traditionellen Brunnen des Dorfes. Der Eingang ist auf einer kleinen Plateau, eng und niedrig mit nordwestlicher Orientierung und Blick auf dem Berg Kentros. Das größte Teil der Höhle ist eine lange rohrenförmige Korridor, der sich stufenweise auf verschiedenen Ebenen entwickelt. Manche Stellen sind so eng, dass der Zugang unmöglich ist. Die sehr wenigen Stalagmiten im Inneren sind zerstört, wobei nur ein kleines Teil bleibt aktiv (Flüssigkeit).

Margele Höhle war früher eine Minoische Siedlung. Ausgrabungen haben Äxte aus Stein und Keramik ans Licht gebracht, die aus der späteren neolithischen Zeit stammen (ungefähr 3300-3000 v.Chr.). Es wird außerdem beweist, dass der Ort nicht nur in der minoischen Zeit, sondern auch in der Hellenorömischen Zeit benutzt wurde.